Nem todas as entidades, mesmo as que pratiquem ações sociais e filantrópicas, têm isenção total de tributos. 

Por exemplo, as instituições de educação e assistência social, ainda que imunes ao Imposto de Renda, deverão recolher o PIS sobre a Folha de Pagamento. 

Ainda há de se observar que as obrigações tributárias acessórias atingem todas as entidades, inclusive as do 3º setor. 

Desta forma, caso houver pagamento sujeitos ao IRF, a entidade deverá reter o imposto respectivo e recolhê-lo nos prazos determinados pela legislação. Neste caso, deverá ser entregue a DIRF no ano subsequente da retenção. 

Confira outros detalhes no artigo Obrigações Tributárias das Entidades do 3º Setor.